מקיף אמי"ת באר-שבע הינו המקיף הדתי היחיד בעיר ומונה כ- 1350 תלמידים ז‘–י"ב.

זהו המוסד העל יסודי הגדול ביותר של רשת אמי"ת הפועל בעיר ולצדו: ישיבת אמי"ת, אולפנת אמי"ת ומרכז טכנולוגי אמי"ת. 
המקיף מבוסס פועל לאור רוח הציונות הדתית – קבלה בזרועות פתוחות של כל המעוניינים בשילוב של ערכי היהדות והציונות מתוך קשר ומחוייבות לחברה. לאור רעיונות אלו משמש המקיף "בית חינוך" על פי מיטב המסורת של רשת אמי"ת: קשרים אישיים והדוקים בין הצוות הבית ספרי לתלמידים, אחריות אישית של המורה להצלחתו הלימודית והתפקודית של התלמיד, יצירת אקלים בית ספרי מיטבי הדוגל בסובלנות, ובכבוד הדדי. 

במקיף קיימים שני מסלולים מרכזיים: 
כיתות עיוניות – הכניסה לכיתות אלו איננה סלקטיבית. צוות בית הספר ז‘-י"ב מתחייב לקבל כל תלמיד מהמקום הלימודי והדתי בו הוא נמצא ולהובילו עד למקסימום מיצוי יכולתו האישית האינטלקטואלית והרוחנית. 
במעבר לחט"ע מתגבשות במסלול זה כיתה תורנית לבנות, כיתות אומ"ץ ומב"ר המקבלות תגבורים לימודיים במסגרת קבוצתית ופרטנית.
מקיף אמי"ת מוכר באזור כולו  בזכות  ההצלחות בכיתות אלו. הוא עולה על הממוצע הארצי לזכאות בתעודת הבגרות בכיתות מב"ר ואומ"ץ. 

במקביל, פועלות בבית הספר כיתות מדעיות. הקבלה לכיתות אלו מותנית בבחינות כניסה ובראיון אישי. כיתות אלו – ז‘-י"ב – מובילות במצויינות לימודית, בעיקר בתחומי המדע והטכנולוגיה. המסלול מאפשר בחירה רב תחומית של לימודי הגברה: פיסיקה, כימיה, ביולוגיה, מחשבים, מדעי הבריאות, אחת משלוש השפות הזרות: רוסית, ערבית, צרפתית. כל אלו בנוסף ל- 5 יח"ל מתמטיקה, אנגלית – ובחירה במקצועות הומניים – 5 יח"ל היסטוריה או ספרות. 
התלמידים בכיתות המדעיות מסיימים עם תעודת בגרות איכותיות מאוד ורבים מהם מוגדרים כבעלי תעודות בגרות בהצטיינות.

במקביל להשקעה הלימודית מושם דגש בכיתות המדעיות על העמקת הזהות היהודית והקשר לחברה ולארץ. זאת מתוך ידיעה כי תלמידים רבים בכיתות אלו מגיעים מרקע שאינו דתי בהגדרתו. 

מקיף אמי"ת גאה באחוז הגבוה של זכאות לבגרות סביב ה- -90-80% לאורך שנים רצופות. נתון איכותי ומעל הממוצע.

לצד ההישגים הלימודיים, גאה מקיף אמי"ת בתכניות הערכיות- המופעלות בבית הספר, כגון: 

• תעודת בגרות חברתית – לערכי נתינה ומחוייבות חברתית הרבה מעבר לנדרש לצורך קבלת תעודת בגרות.
• תוכנית "אפיקים" – להעמקת ערכי היהדות והחיבור לרעיונות "הציונות הדתית". 
• מסעות לפולין ו"מסע ישראלי" ומסעות משמעותיים – להעמקת החיבור להיסטוריה היהודית ולמחוברות למדינת ישראל.